Sau khi Minh Trị Duy tân thành công vào năm 1868, Gensai được ra tù. Ông đổi tên thành Kouda Genbei (高田 源兵衛, Cao Điền Nguyên Binh Vệ?), có thời gian làm quan chức quân đội và thầy dạy kiếm cho phiên Kumamoto. Tuy nhiên, vì chứa chấp một số cựu binh phản loạn Kiheitai dưới quyền đồng đội cũ Oraku Gentarō, ông bị tân chính phủ bắt giam vào tháng 11 năm 1870 rồi sau bị chuyển đến một nhà tù ở Tokyo vào năm 1871. Cuối cùng ông bị xử trảm ở Kodemmachōin, Nihombashi (日本橋小伝馬町, Nihombashi-kodemmachōin?), Tokyo vào ngày 13 tháng 1 năm 1872. Di hài của ông được bạn bè cũ đem chôn cất tại Ikegami Honmon-ji, Tokyo.